featureCounts es un programa de resumen de lectura altamente eficiente y preciso.
La sintaxis general del comando es:
featureCounts [options] -a [annotation_file] -o [output_file] input_file1 [input_file2]
En caso de que encuentre el siguiente error:
featureCounts: command not found
Es posible que deba instalar el paquete subread de acuerdo con su elección de sistema operativo:
| Distribución | Comando |
|---|---|
| Debian | apt-get install subread |
| Ubuntu | apt-get install subread |
| Kali Linux | apt-get install subread |
| Raspbian | apt-get install subread |
El paquete Subread comprende un conjunto de programas de software para procesar datos de lectura de secuenciación de próxima generación que incluyen:
- Sublectura :un alineador de lectura de propósito general que puede alinear tanto las lecturas genómicas de ADN-seq como las de ARN-seq. También se puede utilizar para descubrir mutaciones genómicas, incluidas indeles cortas y variantes estructurales.
- Subjunco :un alineador de lectura desarrollado para alinear lecturas de RNA-seq y para la detección de uniones exón-exón. También se pueden detectar eventos de fusión de genes.
- cantidad de características :un programa de software desarrollado para contar lecturas de características genómicas como genes, exones, promotores y contenedores genómicos.
- Sublarga :un alineador de lectura larga que está diseñado en base a semilla y voto.
- SNP exacto :una persona que llama SNP que descubre los SNP al probar las señales contra los ruidos de fondo locales.