Usa top -b (y otros interruptores si desea diferentes salidas). Simplemente se volcará a la salida estándar en lugar de saltar a una ventana de maldiciones.
La herramienta más útil que he encontrado para monitorear un servidor mientras realizaba una prueba como JMeter en él es dstat. No solo le brinda una variedad de estadísticas del servidor, sino que genera csv para importarlas fácilmente a una hoja de cálculo y le permite ampliar la herramienta con módulos escritos en Python.
Carga de usuarios:top -b -n 2 |grep Cpu |tail -n 1 |awk '{print $2}' |sed 's/.[^.]*$//' Carga del sistema:top -b -n 2 |grep Cpu |tail -n 1 |awk '{print $3}' |sed 's/.[^.]*$//' Carga inactiva:top -b -n 1 |grep Cpu |tail -n 1 |awk '{print $5}' |sed 's/.[^.]*$//'
Cada resultado es un decimal redondo.