Echa un vistazo a phc:el compilador de PHP
Si solo desea ejecutarlo como un script, es posible que no necesite compilarlo per se, pero simplemente ejecútelo a través de la línea de comando. Leer ejecutando PHP a través de la línea de comando.
Hay esto:http://www.bambalam.se/bamcompile/ pero eso compila al bytecode de Windows. Hay algunos otros, pero todo lo que he visto se compilará solo para Windows.
Un poco mas:
http://www.nusphere.com/products/phpdock.htm
Editar:casi me olvido si buscas que funcione en Linux sin tener en cuenta las ventanas, solo puedes agregar
#!/usr/bin/php
en la parte superior del script y debería poder ejecutarlo desde la línea de comando. No olvides hacer chmod +x en el archivo primero.