Prueba:
kill -SIGINT processPIDHere
Básicamente Ctrl C envía el SIGINT (interrupción) señal mientras kill envía el SIGTERM (terminación) de forma predeterminada a menos que especifique la señal para enviar.
Si controla el proceso remoto de ejecución prolongada, puede instalar un controlador de señales para SIGTERM (consulte man signal y man sigaction y las muchas SO preguntas sobre este tema), para limpiar bien antes de morir.
Eso es algo muy común de hacer.
Aquí hay un ejemplo para mongod
Para iniciar el demonio desde la línea de comando:
mongod &
Luego más tarde
kill -SIGINT `pgrep mongod`
ctrl c solo envía una señal SIGINT, pero hay otras señales que son un poco más suaves. http://www.gnu.org/software/libtool/manual/libc/Termination-Signals.html
Creo que puedes usar el comando kill para enviar alguna otra señal (ver man kill para más información)