Emacs no puede rastrear el directorio actual (directorio predeterminado) cuando se envía ssh a otras máquinas.
Podría establecer directorio predeterminado a un nombre de archivo vagabundo como /ssh:TUHOST:/home/dir" en su búfer de shell actual manualmente.
Comienzo las sesiones de shell en una máquina remota principalmente a través de vagabundos/shell. Vagabundo establece directorio predeterminado automáticamente. Pero hay un error en el seguimiento de directorios en archivos remotos, que se solucionó en el baúl (inédito).
http://comments.gmane.org/gmane.emacs.bugs/39082
En lugar de ejecutar M-x shell y ejecutar ssh en la computadora remota, visite un directorio en la computadora remota (usando Tramp) y luego ejecute M-x shell en ese búfer Dired.