No existe una forma simple y libre de errores, ya que un error en el código que agrega/elimina el controlador del kernel puede hacer que sea imposible deshacerse de un módulo. De manera similar, un error en el controlador puede provocar un interbloqueo en algún controlador de interrupciones para que el kernel nunca pueda descargar el módulo.
Además, no hay una forma automática de hacerlo ya que el kernel no verifica los archivos de los módulos en busca de cambios.
Todo lo que puede hacer es escribir un pequeño script que llame a rmmod en el orden correcto para quitar los módulos y luego modprobe 's las nuevas versiones en el kernel.