Puede encontrar el yes comando útil.
Ver man yes
echo -ne '\n' | <yourfinecommandhere>
o aprovechando la nueva línea implícita que genera echo (gracias Marcin)
echo | <yourfinecommandhere>
Ahora podemos simplemente usar el --sk opción:
--sk , --skip-keypress No espere a que se presione una tecla después de cada prueba
es decir, sudo rkhunter --sk --checkall