También puedes usar rsync
rsync -rv --size-only --dry-run /my/source/ /my/dest/ > diff.out
Desde la página del manual de diferencias:
-q Informe solo si los archivos difieren, no los detalles de las diferencias.
-r Al comparar directorios, compare recursivamente los subdirectorios encontrados.
Comando de ejemplo:
diff -qr dir1 dir2
Salida de ejemplo (depende de la configuración regional):
$ ls dir1 dir2
dir1:
same-file different only-1
dir2:
same-file different only-2
$ diff -qr dir1 dir2
Files dir1/different and dir2/different differ
Only in dir1: only-1
Only in dir2: only-2