Siempre recomiendo instalar el paquete de Python con pip, porque algunos administradores de paquetes del sistema operativo personalizan los paquetes y pueden romper o cambiar el comportamiento del paquete.
Si necesita instalar un paquete globalmente:
$ sudo pip install PACKAGE
E intentará descargar su paquete desde PyPI o los enlaces del proyecto.
Debe tener en cuenta que lo que se hace en el administrador de paquetes se somete a algunas pruebas de integración, mientras que lo que está en Pypi no se prueba.
Pypi está bien para el desarrollo.
En producción, puede optar por Pypi, pero pronto aprenderá que siempre puede confiar en lo que hay en el administrador de paquetes...
La mayoría de las respuestas a esta pregunta pierden una de las ventajas de usar apt-get :
apt-get está precompilado , que se instala mucho más rápido que pip .
Para instalar numpy, matplotlib, pandas y otros módulos relacionados con scipy, apt-get solo toma unos segundos; pip puede consumir fácilmente 10min+.
Si tiene acceso de administrador y no le importan las versiones un poco desactualizadas, apt-get es la forma rápida y sin preocupaciones de hacerlo.
Probablemente ya conozca los beneficios de apt-get. Notificaciones de actualizaciones automáticas, otros paquetes instalados por apt que necesitan que esas herramientas sepan que están instaladas, etc.
Con pip, sabe que está obteniendo la última versión en el momento en que la instala, puede instalar una versión no predeterminada de Python y puede instalarla en un virtualenv.
Si no necesita ninguna de las funciones que le brinda pip, y no tiene que instalar rutinariamente otros paquetes de Python que no están disponibles a través de APT, use las versiones de APT.