Autoconf comprueba el programa y falla si no lo encuentra

Prueba esto que es lo que acabo de sacar de un proyecto mío, busca algo llamado quantlib-config en la ruta:

# borrowed from a check for gnome in GNU gretl: def. a check for quantlib-config
AC_DEFUN(AC_PROG_QUANTLIB, [AC_CHECK_PROG(QUANTLIB,quantlib-config,yes)])
AC_PROG_QUANTLIB
if test x"${QUANTLIB}" == x"yes" ; then
    # use quantlib-config for QL settings
    [.... more stuff omitted here ...]
else
    AC_MSG_ERROR([Please install QuantLib before trying to build RQuantLib.])
fi

Encontré que este es el enfoque más corto.

AC_CHECK_PROG(FFMPEG_CHECK,ffmpeg,yes)
AS_IF([test x"$FFMPEG_CHECK" != x"yes"], [AC_MSG_ERROR([Please install ffmpeg before configuring.])])