En los documentos de Passenger, el capítulo "Método genérico de instalación, actualización y degradación:a través de RubyGems" analiza esto. Básicamente, una vez que se instala la gema Passenger, es necesario volver a compilar nginx (y luego usarlo en lugar de yum/apt-get-installed nginx, si existe). La utilidad de compilación/configuración de Passenger "passenger-install-nginx-module" lo hace por usted (es parte de la gema de Passenger), e incluye automáticamente los interruptores necesarios para Passenger. También le brinda la opción de agregar sus propios interruptores (como para módulos adicionales o para habilitar/deshabilitar las funciones integradas de NGiNX).
Creo que su problema es que el módulo de pasajeros no está presente en nginx.
Todas las directivas dependientes de pasajeros que ha descrito (pasajero_raíz, pasajero_ruby, pasajero_habilitado) están disponibles solo cuando el módulo de pasajeros está adjunto a nginx. Es por eso que tienes que compilar nginx con --add-module='/path/to/passenger-3.0.9/ext/nginx' .
Desafortunadamente, no conozco ningún método para habilitar el módulo de pasajeros sin volver a instalar nginx. Pero, de acuerdo con http://wiki.nginx.org/Modules, "los módulos Nginx deben seleccionarse en tiempo de compilación", por lo que existe la posibilidad de que no haya una forma de hacerlo.