Bash:ejecutar comandos desde dentro de un chroot y cambiar de usuario

chroot /chroot_dir /bin/bash -x <<'EOF'
su -
./startup.sh
EOF

opción básica:

cat << EOF | chroot /chroot_dir 
touch aaaaa
touch bbbbb
EOF

opción con shell diferente (por ejemplo, si usa bash pero en un entorno chroot no existe)

cat << EOF | chroot /chroot_dir /bin/sh
touch aaaaa
touch bbbbb
EOF

prueba

chroot /chroot_dir /bin/bash -c "su - -c ./startup.sh"