El error de comando no encontrado se debe a que "apachectl" no está en su camino. Simplemente use la ruta completa del comando, por ejemplo,
/etc/init.d/apachectl start
Si obtiene un error de permiso denegado, debe ejecutar como un usuario diferente. Aunque ese es un problema diferente.
En los scripts de shell, debe usar rutas completas para ejecutar el comando a menos que el directorio con el ejecutable ya esté en $PATH. Por ejemplo, busque dónde se encuentra el binario apachectl:
which apachectl
o
whereis apachectl
y obtendrás algo como:
/usr/local/sbin/apachectl
Entonces, usa eso.