rsync tiene la opción "-C"
http://rsync.samba.org/ftp/rsync/rsync.html
Ejemplo:
rsync -vazC dir1 dir2
Puedes hacer
cp -r SRC_DIR/* DEST_DIR
para excluir todos los .files y .dirs en el nivel SRC_DIR, pero aun así copiaría cualquier archivo oculto en el siguiente nivel de subdirectorios.
Puedes usar rsync en lugar de cp :
rsync -av --exclude=".*" src dest
Esto excluye archivos y directorios ocultos. Si solo desea excluir directorios ocultos, agregue una barra al patrón:
rsync -av --exclude=".*/" src dest