En Windows (símbolo del sistema) puede usar CertUtil, aquí está la sintaxis:
CertUtil [Options] -hashfile InFile [HashAlgorithm]
para la explicación de la sintaxis escriba cmd:
CertUtil -hashfile -?
ejemplo:
CertUtil -hashfile C:\myFile.txt MD5
el valor predeterminado es SHA1, admite:MD2, MD4, MD5, SHA1, SHA256, SHA384, SHA512. Desafortunadamente, no hay CRC32 como lo hace el shell de Unix.
Aquí hay un enlace si desea obtener más información https://technet.microsoft.com/en-us/library/cc732443.aspx#BKMK_menu
Parece que hay una herramienta no compatible para las sumas de comprobación de MS. Tiene pocas funciones, pero parece hacer lo que estás pidiendo. Fue publicado en agosto de 2012. Se llama "Microsoft File Checksum Integrity Verifier".
http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=11533