creando un directorio desde el nombre del archivo y moviendo bash

No se permiten espacios en blanco alrededor del = en una tarea.

dir="${file%%.*}"

Por el contrario, los espacios en blanco son requeridos en una prueba.

if [ -e $dir ]; then
    ^       ^

En cuanto a las mejoras estilísticas, no está de más hacer un mkdir -p innecesario , para que puedas deshacerte del if declaración.

No se requieren comillas en una tarea, por lo que puede eliminarlas del dir= línea. Sin embargo, citar es una buena idea en cualquier otro lugar, así que no elimine las otras citas.

Podría ser bueno agregar un .* extra al bucle for. De esa forma, si ejecuta el script más de una vez, no intentará mover esos subdirectorios recién creados. Y un buen truco (aunque no necesariamente una mejora) es acortar BR*.* W0*.* a {BR,W0}*.* .

for file in {BR,W0}*.*; do
    dir=${file%%.*}
    mkdir -p "$dir"
    mv "$file" "$dir"
done