suEXEC tiene su propio docroot que es totalmente independiente de lo que configure en su configuración de Apache. Puedes ver lo que suEXEC 's docroot es llamando:
suexec -V
Es posible que deba ser root para eso. En mi caso el docroot era /var/www . Tendrás que poner tus guiones allí. No hay forma de cambiar esto guardar recompilando suEXEC . No intentes usar enlaces simbólicos para mantener tus scripts fuera de /var/www (o cualquiera que sea su suEXEC está configurado para).
Editar:como lo menciona @insaner en los comentarios, el comando probablemente sea suexec o como he visto en al menos un servidor suexec2 . suEXEC es justo lo que la documentación de Apache llama al módulo/característica.
Hay una configuración en /etc/apache2/suexec/www-data con debajo de las primeras 2 líneas si está usando apache2-suexec-custom paquete.
/var/www
public_html/cgi-bin
Debe reemplazar esas líneas con su configuración. DEBERÍA haber 2 líneas. Dar solo una línea será por error.
Usé algo como a continuación,
home
cgi-bin