. representa el directorio en el que se encuentra y .. representa el directorio principal.
De la definición de punto:
Esta es una cadena corta (es decir, una secuencia de caracteres) que se agrega al final del nombre base (es decir, la parte principal del nombre) de un archivo o directorio para indicar el tipo de archivo o directorio.
En los sistemas operativos tipo Unix, cada directorio contiene, como mínimo, un objeto representado por un solo punto y otro representado por dos puntos sucesivos. El primero se refiere al directorio en sí y el último se refiere a su directorio principal (es decir, el directorio que lo contiene). Estos elementos se crean automáticamente en cada directorio, como se puede ver usando el comando ls con su opción -a (que le indica que muestre todo su contenido, incluidos los elementos ocultos).
Son mapas especiales de nombre-inodo que cuentan como enlaces duros (aumentan el número de enlaces) aunque en realidad no son enlaces duros, ya que, como dijiste, los directorios no pueden tener enlaces duros. Lea más aquí:Enlaces duros y nodos del sistema de archivos Unix (inodes)