Esto es un poco complicado, pero funciona como una solución simple para tener en el historial de comandos. Todas las herramientas estándar. La salida es más o menos la misma que obtienes de una llamada qstat normal, pero no obtendrás los encabezados:
Una frase:
qstat -xml | tr '\n' ' ' | sed 's#<job_list[^>]*>#\n#g' \
| sed 's#<[^>]*>##g' | grep " " | column -t
Descripción de los comandos:
Listar trabajos como XML:
qstat -xml
Eliminar todas las líneas nuevas:
tr '\n' ' '
Agregue una nueva línea antes de cada entrada de trabajo en la lista:
sed 's#<job_list[^>]*>#\n#g'
Eliminar todo el material XML:
sed 's#<[^>]*>##g'
Hackear para agregar nueva línea al final:
grep " "
Columnizar:
column -t
Ejemplo de salida
351996 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXX_XXXX_XXXXXX user123 r 2015-06-25T15:38:41 [email protected] 1
351997 0.50502 ProjectA_XXX_XXXX_XXX user123 r 2015-06-25T15:39:26 [email protected] 1
351998 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:40:26 [email protected] 1
351999 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:42:11 [email protected] 1
352001 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:42:11 [email protected] 1
352008 0.50501 runXXXX69 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352009 0.50501 runXXXX70 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352010 0.50501 runXXXX71 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352011 0.50501 runXXXX72 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352012 0.50501 runXXXX73 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352013 0.50501 runXXXX74 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
Tal vez una solución más fácil:establezca SGE_LONG_JOB_NAMES en -1, y qstat calculará el tamaño de la columna de nombre:
export SGE_LONG_JOB_NAMES=-1
qstat -u username
Funciona para mí.
¡Salud!
Actualmente estoy escribiendo mi propio qstat envoltorio para obtener un resultado limpio, útil y personalizable.
Aquí está el repositorio de github. El proyecto ha crecido demasiado como para pegar el código en este mensaje.
Viene con un instalador y debería funcionar sin ningún problema con Python 2.7 y 3 (el script de instalación hace las modificaciones si es necesario). qjobs -h proporciona ayuda sobre las opciones disponibles. Escribiré una documentación más completa en los próximos días en el wiki de github.
Actualizaré este mensaje con la mayor frecuencia posible para mantener el estado actual del proyecto. Siéntase libre de comentar aquí (o en github) para solicitar funciones/informar problemas.
En un futuro cercano, intentaré agregar un modo completamente interactivo para navegar por la lista de trabajos más fácilmente. Por supuesto, la salida de texto clásica seguirá estando disponible (podría ser útil para enviar la salida por correo electrónico o para una revisión rápida de los trabajos pendientes/en ejecución).
Ejemplo de salida
Comando qjobs da:
5599109 short_name r 2015-06-25 10:27:39 queue1
5599110 jobName r 2015-06-25 10:35:39 queue2
5599111 a_long_job_name qw 2015-06-25 10:40:39
5599112 foo qw 2015-06-25 10:40:39
5599113 bar qw 2015-06-25 10:40:39
5599114 baz qw 2015-06-25 10:40:39
5599115 beer qw 2015-06-25 10:40:39
tot: 7
r: 2 qw: 5
Comando qjobs -o da:
tot: 7
r: 2 qw: 5
Comando qjobs -o inek -t da (e es el tiempo transcurrido desde la hora de inicio/sub, el formato se puede personalizar utilizando las especificaciones de formato. Minilenguaje de Python; k es el nombre completo de la cola, con dominio):
5598985 SpongeBob 522:02 (21.75 days) [email protected]
5598987 ping_java 521:47 (21.74 days) [email protected]
5598988 run3.14 521:46 (21.74 days) [email protected]
5598990 strange_job_42 521:42 (21.74 days) [email protected]
5598991 coffee-maker 521:39 (21.74 days) [email protected]
5598992 dumbtask 521:29 (21.73 days) [email protected]
qjobs -i da una lista completa de los 'elementos' disponibles. Cada uno de estos artículos está disponible como:
- una salida de columna (con
-o ITEMS); - como criterio para contar el trabajo y produce una salida total, con
-t(por ejemplo,-t scontar por estado como en los dos primeros ejemplos); - como criterio para ordenar el trabajo con
-s, por defecto es-s ipslo que significa que la lista de trabajos se ordena por ID, luego por prioridad y finalmente por estado antes de imprimirse.
El resultado de qjobs -i es:
i: job id
p: job priority
n: job name
o: job owner
s: job state
t: job start/submission time
e: elapsed time since start/submission
q: queue name without domain
d: queue domain
k: queue name with domain
r: requested queue(s)
l: number of slots used
Este script funciona bastante bien. Parece que es de Cambridge. http://www.hep.ph.ic.ac.uk/~dbauer/grid/myqstat.py
Para Python 3:
#!/usr/bin/python
import xml.dom.minidom
import os
import sys
import string
f=os.popen('qstat -u \* -xml -r')
dom=xml.dom.minidom.parse(f)
jobs=dom.getElementsByTagName('job_info')
run=jobs[0]
runjobs=run.getElementsByTagName('job_list')
def fakeqstat(joblist):
for r in joblist:
try:
jobname=r.getElementsByTagName('JB_name')[0].childNodes[0].data
jobown=r.getElementsByTagName('JB_owner')[0].childNodes[0].data
jobstate=r.getElementsByTagName('state')[0].childNodes[0].data
jobnum=r.getElementsByTagName('JB_job_number')[0].childNodes[0].data
jobtime='not set'
if(jobstate=='r'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
elif(jobstate=='dt'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
else:
jobtime=r.getElementsByTagName('JB_submission_time')[0].childNodes[0].data
print(jobnum, '\t', jobown.ljust(16), '\t', jobname.ljust(16),'\t', jobstate,'\t',jobtime)
except Exception as e:
print(e)
fakeqstat(runjobs)
Para Python 2:
#!/usr/bin/python
import xml.dom.minidom
import os
import sys
import string
#import re
f=os.popen('qstat -u \* -xml -r')
dom=xml.dom.minidom.parse(f)
jobs=dom.getElementsByTagName('job_info')
run=jobs[0]
runjobs=run.getElementsByTagName('job_list')
def fakeqstat(joblist):
for r in joblist:
jobname=r.getElementsByTagName('JB_name')[0].childNodes[0].data
jobown=r.getElementsByTagName('JB_owner')[0].childNodes[0].data
jobstate=r.getElementsByTagName('state')[0].childNodes[0].data
jobnum=r.getElementsByTagName('JB_job_number')[0].childNodes[0].data
jobtime='not set'
if(jobstate=='r'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
elif(jobstate=='dt'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
else:
jobtime=r.getElementsByTagName('JB_submission_time')[0].childNodes[0].data
print jobnum, '\t', jobown.ljust(16), '\t', jobname.ljust(16),'\t', jobstate,'\t',jobtime
fakeqstat(runjobs)