También tuve un problema similar al ejecutar el comando ffmpeg desde el script PHP. Encontré la solución ejecutando el siguiente comando desde la terminal. Estoy pegando ese comando aquí para que alguien obtenga ayuda de esto.
sudo mv /opt/lampp/lib/libstdc++.so.6 /opt/lampp/lib/libstdc++.so.6.orig
Ahora solo ejecuta tu script php, espero que funcione.