No es posible hacer zoom ni reducir el zoom en ventanas interactivas que se dejan abiertas con el -persist bandera. Esas operaciones requerirían un rediseño que ya no es posible ya que los programas principales ya han salido.
Citando del persist documentación:
[...] gnuplot abrirá una ventana de visualización, dibujará el gráfico en ella y luego saldrá, dejando la ventana de visualización que contiene el gráfico en la pantalla. Dependiendo del tipo de terminal, algunas operaciones de mouse aún pueden ser posibles en la ventana persistente. Sin embargo, operaciones como acercar o alejar el zoom que requieren volver a dibujar el gráfico generalmente no son posibles porque el programa principal ya se ha cerrado.