Tienes que poner un ExecStop opción en el [Service] sección con el comando que desea utilizar para detener el servicio.
Algo como:
[Service]
Environment=FLUME_CLASSPATH=/opt/flume/current/lib/
ExecStart=/usr/bin/nohup /usr/bin/flume-ng agent -c /etc/flume-ng/conf -f /etc/flume-ng/conf/flume.conf --name a1 &
ExecStop=/usr/bin/flume-ng agent stop
o cualquiera que sea el comando para detener el flume-ng
Luego puede detener el servicio con systemctl stop flume-ng .
Lea el manual en https://www.freedesktop.org/software/systemd/man/systemd.service.html para conocer el conjunto completo de opciones disponibles para controlar el servicio.
Simplemente puede ejecutar systemctl stop flume-ng.service . Cuando se ejecuta, la acción predeterminada es enviar SIGTERM al proceso principal y esperar hasta un tiempo configurable para ver si los procesos han terminado. Si el proceso no termina, systemd envía SIGKILL señal que hace el trabajo. Si el proceso principal se bifurcó de otros procesos, systemd también los eliminará, ya que todos viven en el mismo cgroup.
No es necesario tener ExecStop= directiva a menos que tenga una forma diferente de cerrar su servicio.