También noté este error, aunque los botones/menús desplegables continúan funcionando, para mí solo los controles deslizantes dejan de responder después de la suspensión (Ubuntu 12.10/Mathematica 9.0.0.0 x86 64 bits).
Una posible solución es cambiar todos los controles de parámetros a botones/menús desplegables proporcionando una lista finita de valores que el parámetro puede tomar:
Manipulate[Plot[a x, {x, -3, 3}, PlotRange -> {-1, 1}], {a, Range[-2,2,.5]}
¡Esperemos que alguien en Wolfram se dé cuenta de este hilo! ¿Ya ha presentado un informe de errores?