Marcar para eliminar elimina el paquete, pero no los archivos de configuración asociados con el paquete. Es equivalente a
apt-get remove package_name
Marcar para eliminación completa purga el paquete, es decir, elimina tanto los archivos del paquete como su configuración. Es equivalente a
apt-get --purge remove package_name
Del manual del administrador de paquetes Synaptic:
Los archivos de configuración y los datos creados por el usuario (por ejemplo, un sitio web en "/var/www") no se eliminan del sistema de forma predeterminada.
Solo Debian :Puede cambiar el comportamiento predeterminado en las preferencias.
Solo Debian :Para eliminar todos los archivos relacionados con el paquete, seleccione Marcar para eliminación completa en lugar de Marcar para eliminación.