Ah me acabo de enterar de vimdiff. Prácticamente hace lo que estaba buscando. aquí hay una guía rápida
Puedes usar vim -d file1 file2 por eso.
sdiff , una herramienta clásica de línea de comandos que muestra las diferencias de los archivos de texto uno al lado del otro, también tiene un modo de combinación interactivo. Úsalo corriendo
$ sdiff -o output.txt input1.txt input2.txt
Es la herramienta de combinación de línea de comando interactiva predeterminada utilizada por la utilidad de actualización etc. de Gentoo Linux.
Ventajas sobre vimdiff son una disponibilidad ubicua y un manejo mucho más simple.