Tuve el mismo problema (diálogo atascado/acer notebook/fluxbox) y descubrí que después de una combinación aleatoria de clics y tabulaciones, podía resaltar varios botones. Esto no impidió que se atascara, pero logré abrir la página de ayuda de Adobe, que tiene una aplicación flash que abrirá solo el administrador de configuración; esto funcionó para mí:
http://www.macromedia.com/support/documentation/en/flashplayer/help/settings_manager.html#117118
también otro enlace que encontré después de eso puede ser útil:tiene algunas soluciones específicas para las cosas que pueden desencadenar el problema:
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=978212&page=3
Encontré una solución:estaba usando Google Chrome en Ubuntu Linux e instalé una extensión de Chrome llamada "Flashcontrol". Ahora la ventana de configuración de Adobe Flash Player ya no aparece.