¿Cómo reemplazar un archivo en jar con línea de comando en Linux?

¿Qué hay de este?

jar -uf YOURJAR.jar FILE

si el jar tiene una estructura de carpetas, también puede conservarla

jar -uf YOURJAR.jar DIR/DIR/FILE

Mire este para obtener más información http://docs.oracle.com/javase/tutorial/deployment/jar/update.html

zip -u stuff.jar file.txt

actualizará file.txt en stuff.zip. Tenga en cuenta que para -u file.txt ya debe existir en el archivo zip y solo se sobrescribirá si es más nuevo que el que está en el contenedor.