Están almacenados en:
/var/cache/apt/archives/
a menos que haya emitido un:
apt-get clean
Tal vez solo necesites:
apt-get descargar mypackage1 mypackage2
descargará los archivos *.deb dados al directorio actual. No es necesario rootear.
Si ya ha emitido
apt-get clean
puede echar un vistazo a estas páginas para obtener información sobre cómo replicar la misma configuración de paquete en la otra máquina