Lo solucioné eliminando mi ~/.tmux.conf y usando tmux kill-server
Dependiendo de su situación, "kill-server" puede ser excesivo.
Para mí, las claves que no funcionan se solucionan simplemente separando el cliente que dejó de funcionar y volviendo a conectarlo; en una terminal diferente:
tmux detach-client -s mysession
tmux attach-session -t mysession