Como mencionó Lou, intente mkvmerge así (desde la línea de comando):
mkvmerge -o output.webm -w file1.webm + file2.webm
Recuerde que el formato de contenedor WebM es un subconjunto estricto de Matroska, por lo que las herramientas de Matroska funcionarán en archivos WebM. Pruebe mkvmerge (que se incluye con mkvtoolnix) para volver a multiplexar archivos sin volver a codificarlos. El resultado puede o no ser satisfactorio para sus propósitos, pero mkvtoolnix es maduro y tiene licencia GPLv2, y vale la pena intentarlo. Incluso hay una interfaz gráfica de usuario mkvmerge.