cdargs es la mejor herramienta para marcar un directorio:http://www.youtube.com/watch?v=uWB2FIQlzZg
También hay bashmarks project (para bash shell), que usa comandos de una letra para administrar los marcadores de directorio:
s <bookmark_name> - Saves the current directory as "bookmark_name"
g <bookmark_name> - Goes (cd) to the directory associated with "bookmark_name"
p <bookmark_name> - Prints the directory associated with "bookmark_name"
d <bookmark_name> - Deletes the bookmark
l - Lists all available bookmarks