Puede hacer más o menos cualquier cosa con argumentos de línea de comandos. ¿Hay algo en particular que quieras hacer que no aparezca en la página de manual?
[email protected]:~$ ssh-keygen -t dsa -N "my passphrase" -C "test key" -f mykey
Generating public/private dsa key pair.
Your identification has been saved in mykey.
Your public key has been saved in mykey.pub.
The key fingerprint is:
2f:17:a4:5d:6f:25:d7:5a:0e:84:be:af:ee:52:8b:42 test key
(el resto recortado por brevedad)
En caso de despliegue de servidor:
ssh-keygen -t rsa -q -f "$HOME/.ssh/id_rsa" -N ""
En términos de comunicación desde el servidor instalado hasta los repositorios de git u otros servidores, sería fácil.