Puede usar el kit de herramientas PDF PDFtk:
Ejemplo:
pdftk A=inA.pdf B=inB.pdf cat A1-12 B3 A14-end output out1.pdf
La salida consta de las primeras 12 páginas de inA.pdf , seguido de la página 3 de inB.pdf y luego las páginas 14 hasta el final de inA.pdf .
Muchas distribuciones de Linux proporcionan un paquete PDFtk que puede descargar e instalar usando su administrador de paquetes.
También puede usar qpdf, que es de código abierto:
Mismo ejemplo que el de la otra respuesta:
qpdf --empty --pages inA.pdf 1-12 inB.pdf 3 inA.pdf 14-z -- out1.pdf