En general, no tengo idea de por qué no está mapeado como debería. Pero he encontrado una solución para esto:
ffmpeg -i 01300.mov -filter_complex "[0:v]null[video_out];[0:a]anull[audio_out]" -map [video_out] -map [audio_out] out.mov
Parece que ffmpeg no puede mapear esta tercera transmisión correctamente.
Respondiendo esto ya que aparece en la búsqueda de Google (para ayudar a otros a buscar soluciones).
Esto se solucionó a partir de este ticket, https://trac.ffmpeg.org/ticket/5492, y puedes deshacerte de la pista agregando -write_tmcd 0 al comando ffmpeg.
Esto es específicamente para un Data (tmcd) pista. Para otros (subtítulos, datos en general, etc.), una combinación de cualquiera de -dn , -map -0:d y comandos similares deberían ayudar.