Puede ejecutar gnuplot directamente con
gnuplot
El entorno se abre en la consola y puede agregar sus comandos después de gnuplot>
load 'file.gnu'
Si no está en el mismo directorio, debe ir allí antes o especificar la ruta del archivo.
Puedes echar un vistazo a este tutorial y aquí tienes algunos ejemplos.
Comenzando con un archivo somefile.gnu
gnuplot -p somefile.gnu > /tmp/sss.pdf
ahora solo vea su nuevo archivo pdf
open /tmp/sss.pdf