Recomendaría configurar un IDS basado en host y completar la base de datos de firmas, eliminando cualquier contenido proporcionado con Apache. También revisando el modelo de permisos en torno al registro para que no necesite ser root para leer los archivos.
También hay varias cosas que puede querer hacer dependiendo de lo que haga con el servidor:verifique el tiempo de espera y el tamaño máximo de la publicación para apache, establezca un open_basedir para PHP (junto con los ajustes de rendimiento habituales).