Ya que solicitó las mejores prácticas:la mejor es no instalar software que no esté en los repositorios. Si eso no es posible, la mejor práctica es crear paquetes a partir de él y usar el administrador de paquetes de sistemas para administrarlos.
Deberá idear una forma de buscar actualizaciones importantes, pero la forma de hacerlo depende de usted. Pero si están allí, debe compilar nuevamente y actualizar desde los nuevos paquetes.
¿Has probado checkinstall (está en los repositorios de Debian)?
En lugar de usar make install puedes usar checkinstall y creará (e instalará) un paquete con el software para que pueda rastrearlo usando su administrador de paquetes.