La línea clave aquí es esta:
descartando par 0:estrato=0
Un servidor NTP que se identifica como estrato 0 es una violación de la especificación (está reservado para relojes atómicos o algo así). Tuve este problema hace años con algunos hosts BSD y Mac OS X. Terminé hackeando la verificación de estrato de la fuente y manteniendo una compilación separada del complemento para hosts "problemáticos".
Las líneas ofensivas son 254-257 (actualmente, de todos modos), si quieres eliminar eso. Es un truco, pero me funciona;-)
Encontré este hilo en los archivos de la lista de correo al respecto. Creo que hubo otro en el que sugerí agregar una opción de línea de comandos para ignorar la verificación de estrato, pero no creo que tenga ninguna tracción.
También hay un informe de error al respecto, pero no ha arrojado nada útil que yo sepa.