Para editar mp3 bajo Linux, recomiendo sox. Tiene un trim fácil de usar efecto que hará lo que pides (ver man sox para datos:busque (presione / ) para "recortar inicio"). Ejemplo:
sox input.mp3 output.mp3 trim 1 5
No lo mencionaste, pero si tu objetivo es solo eliminar el silencio al principio de los archivos, encontrará silence efecto mucho más útil (man sox , busque "períodos anteriores")
Podría intentar usar mp3splt, que puede dividir archivos MP3 y Ogg y tiene la ventaja de que no vuelve a codificar el archivo, evitando así la pérdida de calidad.
Asegúrese de que sus especificaciones de tiempo comiencen con horas.
Para citar la página man de ffmpeg:
la posición puede ser en segundos o en formato "hh:mm:ss[.xxx]"
Eso significa que cuando elige la segunda sintaxis solo el .xxx parte es opcional. De lo contrario, ffmpeg podría analizarlo incorrectamente como segundos.
Lo mismo ocurre con la duración:
la duración puede ser un número en segundos, o en "hh:mm:ss[.xxx]"
Otro escollo es el orden de los argumentos ffmpeg (por ejemplo, el -ss /-t las opciones para un archivo de entrada deben estar antes del -i opción).
Ejemplo
$ wget http://traffic.libsyn.com/twiv/TWiV179.mp3
$ ffmpeg -ss 1:05:59.3 -t 00:02:03.9 -i TWiV179.mp3 -acodec copy \
what_is_a_hmm_twiv179.mp3
Con la especificación -ss 1:05:59.3 -t 2:03.9 obtendrías un resultado diferente (es decir, una pieza de 2 segundos de duración).
(Probado en Fedora 17 con ffmpeg versión 0.10.7.)