Eche un vistazo a Linux From Scratch, LFS tienen un tutorial que le enseña cómo construir su propio sistema Linux, una vez que comprenda que puede seleccionar un administrador de paquetes y un conjunto de paquetes, creando así su propia distribución.
Una cosa para hacer la respuesta un poco más completa, ArchLinux es una distribución de Linux que usa casi el 100% de paquetes de vainilla. Esto significa que los mantenedores de distribución casi no realizan parches. Además, no tiene un conjunto predeterminado de paquetes como lo tienen las distribuciones *buntu.
Estas características hacen de Arch una distro muy personalizable. Es su "propia distribución" en el sentido de que es su propia configuración. Pero no como en LFS donde es tu propio núcleo, módulos, paquetes...
El Proyecto Yocto es un "constructor de distribución".
Hay una extensa documentación y un constructor gráfico, llamado Hob.
Actualización a partir de 2017
Según el sitio web de Yocto, el proyecto Hob está en desuso y el reemplazo se llama Tostadora.
Parte de la respuesta depende de lo que entiendas por tu propia distribución. si te refieres a una versión de Linux personalizada para tus propios propósitos para que la uses en tus propias máquinas, o incluso en tu propia oficina, hay un par de herramientas geniales que te permiten personalizar las distribuciones existentes que se sabe que funcionan.
http://www.centos.org/docs/5/html/Installation_Guide-en-US/ch-kickstart2.html cubre las instalaciones kickstart de CentOS (también se aplica a Scientific, Fedora y RedHat). También hay http://susestudio .com/ que le permite crear un disco de instalación personalizado de SuSe Linux, lo que significa que puede obtener los paquetes que desea instalar de inmediato. La ventaja de este método, más aún con el kickstart, es que puede elegir paquetes individuales y omitir cualquier pelusa con la que no quiera molestarse, pero también obtener las ventajas de saber que los paquetes actualizados estarán disponibles para usted y funcionarán. sin una cantidad significativa de pruebas y gastos generales de su parte.
Si solo busca que se vea como quiere, pantallas de inicio personalizadas, logotipos, etc., hay un montón de guías disponibles para realizar este tipo de cambios.
Ahora, si realmente solo quieres ponerte manos a la obra y hacer tus propias cosas, entonces la sugerencia de @vfbsilva de mirar LFS es insustituible. Realmente aprendes cómo se juntan las cosas y cuáles son los requisitos para hacer Linux... bueno, Linux. Sin embargo, hacer esto un par de veces fue suficiente para que yo personalmente me diera cuenta de que no quería tener que lidiar con la reconstrucción de cada paquete que tenía una actualización de seguridad publicada semanalmente. :)