Puedes usar ncat - que también tiene un puerto de Windows - para transferir datos a través de la red. En un sistema, lo ejecuta en modo "escuchar", donde se vincula a algún puerto, en el otro sistema, se conecta a ese puerto en la otra máquina. Esto crea una tubería bidireccional. En Linux puedes elegir entre más variantes (GNU netcat, BSD netcat, socat...). Aparte de la página de manual obvia, también puede echar un vistazo al artículo de wikipedia netcat.
Nota:en ambos sistemas, los ejecuta en la terminal (línea de comandos de Windows, shell de Unix); el copiar y pegar debe ocurrir dos veces:en una máquina, copia desde la fuente y la pega en la terminal que ejecuta ncat. Los datos se transfieren a la otra máquina, donde los copia desde el terminal hasta su destino final.
Otra opción es intercambiar archivos a través de un recurso compartido de Windows (Samba en Linux).