Recomiendo visitar el Estándar de jerarquía del sistema de archivos.
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/media
es punto de montaje para medios extraíbles . En otras palabras, donde el sistema monta medios extraíbles. Este directorio contiene subdirectorios que se utilizan para montar medios extraíbles como CD-ROM, disquetes, etc. -
/mnt
es para montaje temporal . En otras palabras, donde el usuario puede montar cosas. Este directorio se usa generalmente para montar sistemas de archivos temporalmente cuando es necesario.
Árbitro:
http://www.pathname.com/fhs/pub/fhs-2.3.html#MEDIAMOUNTPOINT
http://www.pathname.com/fhs/pub/fhs-2.3.html#MNTMOUNTPOINTFORATEMPORARILYMOUNT
usa /mnt para cosas que montas por ti mismo
dejar /media para que el sistema monte sus cosas