FWIW, tuve el mismo problema con una impresora de etiquetas Brother QL-1050, bajo Debian Sid. No fue un error de la aplicación como se sugiere en los comentarios, sino un problema de CUPS/controlador. Puede confirmar esto ejecutando lp o lpr y ver si se ve afectado también:
lp -d YOURPRINTER -n 2 /some/file.pdf
lpr -P YOURPRINTER -# 2 /some/file.pdf
Logré resolver el problema editando /usr/lib/cups/filter/brother_lpdwrapper_ql1050 , y modificando la línea
CUPSOPTION=`echo "$5 Copies=$4" | sed -e …
en
CUPSOPTION=`echo "$5" | sed -e …
(Copies=1 también funciona).
Supongo que el número de copias se alimentó dos veces de alguna manera.
Debe haber un archivo similar para su impresora, y aunque supongo que el nombre y la definición de CUPSOPTION puede variar, esas opciones probablemente estén definidas allí.