En el menú de Gnome-terminal, usa:
File --> Open Terminal
Eso abrirá una nueva ventana usando pwd como directorio.
Además, puede configurar las pestañas abiertas:
Editar --> Preferencias --> General --> Abrir nuevos terminales en:--> seleccionar pestaña.
Entonces, los nuevos terminales se abrirán en la misma ventana con el mismo pwd.
Aún podrá abrir nuevas ventanas si es necesario:
Alt-F2 --> gnomo-terminal
En Arch Linux + GNOME (al menos), puede agregar la siguiente línea en ~/.bashrc para abrir nuevas ventanas de Terminal en el directorio actual:
source /etc/profile.d/vte.sh
Ya hay una pregunta relacionada con las nuevas pestañas. Resulta que la respuesta es la misma para las ventanas nuevas.