Esas "marcas de tiempo" no son segundos desde la época como strftime() opera, son solo fechas + horas sin separadores entre años, meses, etc. Solo necesita una manipulación de texto simple, no el uso de funciones de tiempo.
Con GNU awk (que ya estás usando) para gensub():
$ awk 'BEGIN{FS=OFS="|"} {$4=gensub(/(.{4})(..)(..)(..)(..)(..)/,"\\1-\\2-\\3 \\4:\\5:\\6",1,$4)} 1' file
John|Doe|TEST|2021-07-28 12:08:21|[email protected]
John|Davis|TEST|2021-08-28 12:08:21|[email protected]
John|Smith|TEST|2021-05-28 12:08:21|[email protected]
o con cualquier awk:
$ awk 'BEGIN{FS=OFS="|"} {$4=sprintf("%s-%s-%s %s:%s:%s", substr($4,1,4), substr($4,5,2), substr($4,7,2), substr($4,9,2), substr($4,11,2), substr($4,13,2))} 1' file
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Suposición:El campo a cambiar es el único o el primero que contiene exactamente 14 dígitos.
sed -E 's=\|([0-9]{4})([0-9]{2})([0-9]{2})([0-9]{2})([0-9]{2})([0-9]{2})\|=|\1-\2-\3 \4:\5:\6|='
Tu intento falla porque $4 tendría que ser el tiempo de UNIX Epoch (tiempo en segundos desde 1970), como documenta el manual de GNU Awk.
Si quieres usar un strftime -como método, entonces podría considerar Miller, que también proporciona el correspondiente strptime ej.
$ mlr --nidx --fs '|' put -S '
$4 = strftime(strptime($4,"%Y%m%d%H%M%S"),"%Y-%m-%d %H:%M:%S")
' file
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