¿Cómo reiniciar archivos /var/lib/mysql?

mysql_install_db inicializa el directorio de datos de MySQL y crea las tablas del sistema que contiene, si no existen. También inicializa el tablespace del sistema y las estructuras de datos relacionadas necesarias para administrar las tablas de InnoDB. A partir de MySQL 5.6.8, mysql_install_db es un script de Perl y se puede usar en cualquier sistema con Perl instalado. Antes de 5.6.8, es un script de shell y solo está disponible en plataformas Unix.

Lea la documentación de MySQL en su totalidad para mysql_install_db , entonces...

PROBARLO!!!

Si no funciona en el primer intento, haz esto

mkdir /var/lib/mysql
mkdir /var/lib/mysql/mysql
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql 

luego ejecuta mysql_install_db de nuevo

Para MySQL 5.7> solo:

# Move or remove the original dir
mv /var/lib/mysql /tmp/mysql

# Create a new dir
mkdir /var/lib/mysql

# Change owner to mysql (user and group)
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql

# Create MySQL initial data
mysqld --initialize