Podría usar /etc/rc.local o algunos scripts de arranque del sistema, pero esta no sería la mejor manera de hacerlo. En el inicio, sus interfaces de red están configuradas, claro, pero hay otros momentos en los que sus interfaces de red pueden activarse o desactivarse y necesitará que esto se ejecute durante esos momentos.
Quiere editar /etc/network/interfaces:
Deberías tener una línea como:
iface eth0 inet static
Debajo de eso, con una sangría adicional, desea crear un comando de publicación hacia arriba y hacia abajo, por ejemplo.
iface eth0 inet static
post-up /usr/sbin/ethtool -s eth0 wol g
post-down /usr/sbin/ethtool -s eth0 wol g
Obviamente, reemplace eth0 con la interfaz relevante si es diferente.
Consulte interfaces (5) para obtener más información sobre los comandos post-up y post-down
man 5 interfaces