tar:elimina los componentes principales del directorio en la extracción

Solución 1:

Quieres usar el --strip-components=NUMBER opción de tar :

 --strip-components=NUMBER
       strip NUMBER leading components from file names on extraction

Tu comando sería:

tar xfz /var/www/site.gz --strip-components=2 -C /tmp

Solución 2:

¿Por qué no usar -C? opción al crear:

$ tar cf /var/www/site.tar -C /var/www_bak/ site