Corriendo:
nohup command ... > file &
dejará stderr y stdin abiertos. En su lugar, ejecuta:
nohup command ... > file 2>&1 <&- &
o:
nohup command ... > logfile 2> errfile <&- &
que redirigirá stdout y cerrará stdin.
Tenga en cuenta que su comando puede cancelarse si no puede leer desde la entrada estándar.