Bio-Linux se presentó y se detalló en un artículo de Nature Biotechnology en julio de 2006. La distribución fue un esfuerzo grupal del Consejo de Investigación del Medio Ambiente Natural en el Reino Unido. Como señalan los creadores y autores, las demandas de análisis de la ciencia "-ómica" (genómica, proteómica, metabolómica) de alto rendimiento han requerido el desarrollo de soluciones informáticas integradas para analizar las montañas resultantes de datos experimentales.
De esta necesidad nació Bio-Linux. La distribución, según sus creadores, sirve como una "plataforma de estación de trabajo de bioinformática gratuita que se puede instalar en cualquier cosa, desde una computadora portátil hasta un servidor grande". La versión de distribución actual, Bio-Linux 8, está construida sobre una base Ubuntu 14.04 LTS. Por lo tanto, la apariencia general de Bio-Linux es similar a la de Ubuntu.
En mi propio trabajo como inmunólogo investigador, puedo atestiguar tanto la necesidad como el éxito del enfoque de software integrado en el diseño y desarrollo de Bio-Linux. Bio-Linux funciona como una verdadera solución llave en mano para los requisitos de canalización de datos de la ciencia moderna. Como menciona el sitio web, Bio-Linux incluye más de 250 paquetes de software preinstalados, muchos de los cuales son específicos para los requisitos del análisis de datos bioinformáticos.
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El poder de este enfoque se vuelve inmediatamente evidente cuando intenta duplicar el proceso de instalación del software en otro sistema operativo. La integración de todos los componentes de software y la instalación de todas las dependencias requeridas consume mucho tiempo y, en algunos casos, ni siquiera es posible fuera del sistema operativo Linux. La distribución Bio-Linux proporciona un entorno portátil, estable e integrado con software preinstalado suficiente para comenzar una amplia gama de tareas de análisis bioinformático.
A estas alturas, probablemente esté diciendo:"Estoy vendido, ¿cómo obtengo esta increíble distribución?"
Me alegra que hayas preguntado. Comenzaré diciendo que hay una excelente documentación en el sitio web de Bio-Linux. Esta documentación cubre tanto las instrucciones de instalación como una descripción muy completa del uso de la distribución.
La distribución puede instalarse y ejecutarse localmente, ejecutarse desde un CD/DVD o USB, instalarse en un servidor o ejecutarse desde un entorno de máquina virtual. Para comenzar el proceso de instalación para la instalación local, descargue la imagen de disco o ISO para la distribución de Bio-Linux. La imagen del disco es un archivo de 3,3 GB y, dependiendo de la velocidad de descarga de Internet, este puede ser un buen momento para tomar una taza de café o tomar una buena siesta.
Una vez que se ha descargado la ISO, los desarrolladores de Bio-Linux recomiendan usar UNetBootin, un paquete de software multiplataforma disponible gratuitamente que se usa para hacer USB de arranque. Se proporciona un enlace para UNetBootin en el sitio web de Bio-Linux. Puedo dar fe de la eficacia de UNetBootin en los sistemas operativos Mac y Linux.
En los sistemas operativos de la familia Unix (Mac OS y Linux), también es posible crear un USB de arranque desde la línea de comandos usando el dd comando:
[sudo umount “Ubicación USB”
sudo dd bs=4M if=”Ubicación ISO” of =”Ubicación USB” conv=fdatasync]
Independientemente del método que utilice, este podría ser otro buen momento para tomar un café.
En este punto de mi instalación, UNetBootin pareció congelarse en squashfs transferencia de archivos durante la creación de USB de arranque. Sin embargo, una revisión rápida de la aplicación de discos de Ubuntu confirmó que el archivo aún se estaba escribiendo en el USB. En otras palabras, tenga paciencia:lleva bastante tiempo crear el USB de arranque.
Una vez que haya tomado su café y tenga un USB terminado en la mano, estará listo para usar Bio-Linux. Como señala el sitio web de Bio-Linux, si está tratando de usar un USB de arranque con una computadora Mac (especialmente las versiones de hardware más nuevas), es posible que no pueda arrancar desde el USB. Existen soluciones alternativas, pero implican configurar el sistema para arranque dual. Del mismo modo, en máquinas basadas en Windows, puede ser necesario realizar cambios en el orden de inicio y posiblemente en la configuración de inicio seguro para la máquina desde el BIOS.
A partir de este punto, la forma en que usa la distribución depende de usted. Puede ejecutar la distribución desde el USB para probarla. Puedes instalar la distribución en tu computadora. Incluso puede seguir las instrucciones en el sitio web de Bio-Linux para crear una instancia de VM de la distribución o ejecutarla en un servidor. Independientemente de cómo lo use, tiene a su disposición una estación de trabajo de análisis de datos bioinformáticos de alta potencia.
Tal vez tenga una necesidad profesional de una estación de trabajo de este tipo, pero incluso si nunca usa Bio-Linux como investigador profesional, podría proporcionar un gran recurso para los profesionales de la enseñanza de la biología en todos los niveles para presentar a los estudiantes los principios de la bioinformática moderna. Por el precio de una computadora portátil y un USB, cada escuela puede tener un recurso didáctico in silico para complementar las lecciones en el aula en la era de las "ómicas". Tus únicas limitaciones son tu creatividad y el rendimiento de tu hardware.
Más sobre Linux
Como sistema operativo de código abierto con un fuerte apoyo de la comunidad, el kernel de Linux comparte muchas de las fortalezas comunes a otros esfuerzos exitosos de software de código abierto. Linux tiende a ser estable y susceptible de personalización. También es bastante independiente del hardware, capaz de ejecutarse junto con otros sistemas operativos en una amplia gama de configuraciones de hardware. De hecho, la instalación de Linux es un método común para recuperar la usabilidad del hardware obsoleto que no puede ejecutar otros sistemas operativos modernos. Linux también es altamente portátil y se puede ejecutar desde cualquier dispositivo de almacenamiento externo de arranque, como una unidad USB, sin necesidad de instalar permanentemente el sistema operativo.
Es esta combinación de estabilidad, personalización y portabilidad lo que inicialmente me atrajo a Linux. Cada variante del sistema operativo Linux se denomina distribución. (o distribución ), y parece que hay una distribución de Linux para cada escenario o deseo informático imaginable. Las opciones en realidad pueden ser bastante intimidantes, y sospecho que a menudo pueden desanimar a las personas a probar Linux.
"¿Cuántas distribuciones diferentes puede haber?" usted podría preguntarse Si tiene unos minutos, o incluso unas horas, eche un vistazo a DistroWatch.com. Como su nombre lo indica, este sitio está dedicado a la catalogación de todo lo relacionado con la distribución de Linux. Para los estudiantes visuales, hay un increíble árbol genealógico de Linux que realmente lo pone en perspectiva.
Si bien hay libros completos dedicados al tema de las distribuciones de Linux, las diferencias a menudo dependen de qué software se incluye en la instalación base, cómo se administra el software y las diferencias gráficas que afectan la "apariencia" de la distribución. Ciertamente, también hay sutilezas de compatibilidad de hardware, velocidad y estabilidad.